Le microbiote : cours de 4e

Quand on parle de microbes, on pense souvent à la grippe ou au rhume. Ces microbes-là existent bel et bien.¹ Pourtant, ils ne représentent qu'une petite partie de l'histoire. On sait depuis longtemps que notre corps héberge une multitude de micro-organismes, et le programme de 4e demande de relier ce contact permanent à ses conséquences pour l'organisme.¹

Dans ce cours, tu vas voir où vivent ces micro-organismes, combien ils sont, ce qu'ils font pour toi et comment on peut les préserver. Tu t'appuieras sur ce que tu connais déjà de l'alimentation et de la digestion.

Le mot vient du grec : mikrós signifie « petit » et biôtós se rattache au verbe « vivre ».⁶ Le microbiote intestinal portait autrefois le nom de flore intestinale, et on l'appelle encore souvent ainsi dans la vie courante.⁶

Le microbiote n'existe pas que chez l'être humain. Les plantes et le sol ont aussi leur microbiote, et ils font l'objet de nombreuses recherches.⁵

On a longtemps cru que les microbes étaient bien plus nombreux que nos propres cellules. Une estimation publiée en 1972 parlait d'un nombre dix fois supérieur, soit cent mille milliards de micro-organismes.⁶ Cette idée a circulé pendant des décennies.

Des travaux plus récents, fondés sur beaucoup de données expérimentales, ont corrigé ce chiffre. Pour un « individu de référence » (un adulte de 20 à 30 ans, de 70 kg et de 1,70 m), le nombre de bactéries est estimé à $3{,}9\times 10^{13}$, à peu près autant que de cellules humaines.⁶

Publiée en 2016, cette étude compte environ 39 000 milliards de bactéries pour environ 30 000 milliards de cellules dans le corps humain moyen.⁵ Le rapport est donc proche de 1 pour 1, et non de 10 pour 1 ou de 100 pour 1.⁵

Tu as vu que la digestion transforme les aliments en nutriments qui passent dans le sang. Le programme de 4e ajoute un acteur : le microbiote intestinal joue un rôle dans la digestion et l'absorption.⁴

Cette fermentation produit des acides gras volatils. Chez l'être humain, ils couvrent seulement 5 à 10 % des besoins en énergie, très loin de la part atteinte chez les ruminants.⁶

Le microbiote fabrique aussi des substances utiles : certains acides aminés, comme le tryptophane, et des vitamines, dont les vitamines K, B9 et B12.⁶

Le microbiote ne se limite pas à la digestion. Le microbiote intestinal joue aussi un rôle indispensable dans l'immunité.³ Le système immunitaire est l'ensemble des organes qui participent à la défense du corps humain.¹

Des chercheurs ont réalisé des expériences pour prouver le rôle bénéfique du microbiote dans les réactions immunitaires face aux infections de l'intestin.³ Cette démarche scientifique illustre la méthode que tu utilises en SVT : on formule une idée, on teste, on compare des situations avec et sans microbiote.

On parle de mutualisme entre l'hôte et son microbiote : chacun y trouve son compte.⁴ Le corps héberge les micro-organismes, et ceux-ci lui rendent des services pour la digestion et la défense.

Pendant longtemps, l'étude du microbiote a été freinée : seule une minorité d'espèces de bactéries peut être cultivée en laboratoire.⁵ Dans l'intestin humain, 75 % des bactéries ne sont aujourd'hui pas considérées comme cultivables.⁶

Depuis 2005, on sait séquencer très vite le matériel génétique des micro-organismes. Cette avancée a relancé les recherches sur le microbiote.⁵ En avril 2008 (le 11), un projet européen nommé MetaHIT a démarré : son but est d'étudier le génome de toutes les bactéries qui composent la flore de l'intestin humain.⁶

Une étude de métagénomique de 2018 a porté sur 1 046 personnes en bonne santé d'origines différentes. Elle confirme que l'environnement joue un rôle bien plus grand que l'ascendance génétique dans la formation du microbiote intestinal.⁶

On peut donc agir sur son microbiote par ses comportements. Les chercheurs pensent d'ailleurs qu'il pourrait être possible de le protéger ou de le modifier pour améliorer la santé.⁶

Le programme du cycle 4 demande de relier les mesures d'hygiène au maintien du microbiote.⁴ Il demande aussi d'expliquer les comportements responsables, individuels et collectifs, en matière de santé.⁴ L'hygiène limite les agents pathogènes, mais elle ne vise pas à supprimer tous les microbes : ceux du microbiote sont utiles.¹